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阴阳理论源于人们对自然现象的认识。
“陽”， 从阜。“阜”字，始见于一期甲骨文，其形似崖壁。从阜之字皆与山崖有关。“陽”字亦始见于一期甲骨文，其形为山崖之旁、日出树梢之上，意为向阳之地。华夏之域，山之南终年有日照，山之北则冬季日照少。故引义为：山之南。
“陰”， 从阜，始见于西周中期金文。其字形较为多样：有似树木遮蔽不见日者，有似山崖之下月照者，有似两侧山崖之中者。意为少见日光之地。“陰”出现比“陽”字晚得多，应该是作为“陽”的反义词出现。故亦可引义为：山之北。
由上可见，阴阳理论的产生，应该不会早于西周中期。阴阳理论诞生后，被广泛引申：山为阳则水为阴，南为阳则北为阴；昼为阳则夜为阴，夏为阳则冬为阴；男为阳则女为阴，背为阳则腹为阴。由地及天、及人。
八卦也是源于阴阳。阴爻和阳爻，任意三根，可以组成八种卦；任意两个卦(包括同种)，又能组成六十四种卦象。因此八卦的形成也不会早于西周中期，但部分卦辞、爻辞是卜人记录的历史资料，时代可能会早一些。易传之文又晚于其后，《易·系辞传》曰：一阴一阳谓之道。《道德经》云：道生一，一生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，中气以为和。吾之先民，已经构建了一套完整的本体论，万物皆由阴阳结合而成。而人作为自然之部分，自然也是阴阳结合而成。所以，阴阳学就是中医生理学的基础。
五行理论的诞生则要晚得多。
“五行相克”说略早，战国末年，齐人驺衍以此解释朝代兴替：黄帝以土德王天下，大禹以木德王天下，商汤以金德王天下，周文以火德王天下。后代以其德运，能克前代，此所谓奉天承运也！秦始皇一统江山，采驺衍之说，以水德王天下。故秦朝服帜尚黑，以合水德。“五行相生” 说始见于董仲舒《春秋繁露》，其说则可能更晚，因为此书极有可能遭到刘歆的纂改。王莽纂汉以后，自命黄帝之后，为示正统而采用五行相生说，推导出其以土德王天下，乃嗣其先祖黄帝之位。
阴阳学是从空间上解释世界的本体论，而五行学则是从时间上解释世界的本体论。正是由于五行学能够弥补阴阳学的不足，才会被广泛应用。
中医对人体的认识，形成了两大基础理论：藏象与经络。阴阳是经络学的理论模型，五行是藏象学的理论模型。但是经络学的影响一度领先于藏象学，五行理论对中医的影响也要晚得多。下葬于汉文帝十二年的马王堆汉墓医书，就丝毫未提到五行理论。但其中《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》，已经形成了较为完善的经络学说。
最开始，阴阳学和五行学、藏象学与经络学是各自独立的，在发展的过程中才逐渐融合。后人常言阴阳五行，其实阴阳和五行也是两套学说。藏相、经络、阴阳、五行的融合并非一促而就，而是历经曲折、纷繁复杂。那就让我们翻开经典，重勘医史。
四经学派：
《素问·阴阳别论篇第七》：
黄帝问曰：人有四经，十二从，何谓？岐伯对曰：四经应四时；十二从应十二月；十二月应十二脉。
此处未释四经十二从为何物，应是根据四季特点，仿八卦由阴阳二字组合，以配四经。春由冷变暖，由阴至阳，为“阴阳”，配足少阳经；少阳者，阳气初升也。夏为纯阳，即“阳阳”，配足太阳经；太阳者，阳之至也。秋由暖变冷，由阳至阴，为“阳阴”，配足太阴经；太阴者，阴之初始也。冬为纯阴，即“阴阴”，配足少阴经；少阴者，阴之至也。
至于十二从，可能是古人发明的一些经络。
医者，始无“六经”“十二经络”之说。今之典籍所载，最早为四经十二从。根据马王堆出土医书，其时已有十一经之说。四经之说，至少也可以上溯至战国时代。或问：四经之前为何论？余以为乃阴阳二经！太阳为诸阳之屏，为阳本经；少阴为诸阴之屏，为阴本经。此即阴阳二经也！《辨证篇·六经辨证》中，余将细为解说。
五经学派
《素问·刺腰痛篇第八》：
足太阳脉令人腰痛，引项脊尻背如重状，刺其郄中。太阳正经出血，春无见血。
少阳令人腰痛，如以针刺其皮中，循循然不可以俯仰，不可以顾。刺少阳成骨之端出血，成骨在膝外廉之骨独起者，夏无出血。
阳明令人腰痛，不可以顾，顾如有见者，善悲。刺阳明于(骨行)前三痏，上下和之出血，秋无见血。
足少阴令人腰痛，痛引脊内廉。刺少阴于内踝上二痏。春无见血，出血太多，不可复也。
厥阴之脉令人腰痛，腰中如张弓弩弦。刺厥阴之脉，在腨踵鱼腹之外，循之累累然，乃刺之。其病令人善言默默然不慧，刺之三痏。
郄中今谓之浮郄，成骨今谓之外踝尖，二痏今谓之太溪。此足五经与今基本一致。此篇又有：解脉、同阴、阳维、衡络、会阴、飞阳、昌阳、散脉、肉里之脉。此当为奇经八脉之雏形。五经学派未与脏腑联系，此派总结临床经验、从经络自身发展而来，并发展出奇经八脉学说。
十经学派
《素问·气府论篇第五十九》中，论述了手足六阳经、督脉、任脉、冲脉所辖穴位。末尾又提到了足少阴、足厥阴，手少阴、手阳明。如此，手足十经俱备，只未提到足太阴脾经和手太阴肺经。此派是从五经学派发展而来，五足经配上五手经，五经学派无太阴经，故此派亦无太阴经。
又可知此派一直独立于六经学派发展，仅以五经配手足。而六经学派虽有六经，却不配手六经。又此派只有十经，当早于马王堆汉墓医书之十一经学派。
四脏七腑学派
《素问·六节藏象论篇第九》：
帝曰：藏象何如？岐伯曰：心者，生之本，神之变也；其华在面，其充在血脉，为阳中之太阳，通于夏气。肺者，气之本，魄之处也；其华在毛，其充在皮，为阳中之太阴，通于秋气。肾者主蛰，封藏之本，精之处也；其华在发，其充在骨，为阴中之少阴。通于冬气。肝者，罢极之本，魂之居也；其华在爪，其充在筋，以生血气，其味酸，其色苍，此为阳中之少阳，通于春气。脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱者，仓廪之本，营之居也，名曰器，能化糟粕，转味而入出者也，其华在唇四白，其充在肌，其味甘，其色黄，此至阴之类，通于土气。凡十一脏，取决于胆也。
此篇已经指明四脏七腑，四脏者配四时，又配以四经。四季、十二月是直观的自然现象，比抽象的五行理论更容易理解；再者，四经学派和四脏学派诞生时间较早，五行理论还未被引入医学之中。可见，在五脏理论成型之前，脏腑与经络的匹配就开始了。脏腑与经络的匹配是必然趋势，因为人体是一个整体，不可能存在两套毫无联系的生理系统。《六节藏象论篇》脏腑数也是十一，应是主动与十一经融合。
此中唯独少了手厥阴心包经。马王堆汉墓出土的《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》虽未联系脏腑起来，但却受到了藏象学的影响。否则，它为什么不搞成手足各六经的十二经呢？还就是因为缺少一个脏腑，没法匹配！是后人发明了心包(或膻中)，才有了十二经理论。诚可叹者：经学创立时代的医家是何其严谨，不会为了理论的完整性多造一个脏腑。
心主五脏学派
《素问·金匮真言论篇第四》：故背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也；腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之阳，肝也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。此皆阴阳表里内外雌雄相俞应也，故以应天之阴阳也。
历史上应当存在一个佚亡的“四脏学派”，四脏七腑学与心主五脏学派皆由其发展而来，皆以心为人身之主。此派五脏不按五行原理排列，说明在中医引进五行理论之前，就形成了五脏理论。
古人竹简而书，由右至左，故对视以右为大边。若正面对视他人，心在大边，故为阳中阳；肺在小边，故为阳中之阴。肝与肾则以上下而论，故肝在上为阴中之阳，肾居下为阴中之阴。原本脾和肝也是左右位置的，但由于四脏四经学派已成定论，就只能将脾另列为阴中之至阴。脾属土，居寰宇之最下，堪为至阴。但脾在人体位置并不在最下，配土并不合理，这就是由四脏学派走向五脏学派所留下的痕迹。脾在与五方的匹配中获得中央的地位，与五色匹配又得黄色，黄色在后世成为皇家专属，脾土反成至尊，此当为脾土派之渊薮。
尽管如此，在五脏学派中，却是以心为君，以肺为相傅。这是来源于实践，也是最符合生理的，因为判断人之生死者，核心指标就是呼吸、心跳脉搏。另外：心主五脏学派，还是独取寸口脉法的理论根源。
五行五脏学派
五行五脏学说是引进五行理论的结果，以五脏配五行。其面临的第一个难题是，如何让五脏与四季匹配，于是造出“长夏”一说。夏属火、火生土，故只能从立秋前分出十八天匹配脾土，谓之长夏。这样才能与五行相生说吻合。此派的诞生，必定在五行相生说以后，一般应视为在董仲舒以后。而在此前，十一经络理论早已成型，由此可见藏象学一度远远落后于经络学。
六经学派
五脏学派，有太阴而无阳明；五经学派，有阳明而无太阴。二者合一，就成足六经。
《素问·阴阳离合论篇第六》
帝曰：愿闻三阴三阳之离合也。岐伯曰：圣人南面而立，前曰广明，后曰太冲。太冲之地，名曰少阴；少阴之上，名曰太阳。太阳根起于至阴，结于命门，名曰阴中之阳。中身而上名曰广明，广明之下名曰太阴，太阴之前，名曰阳明。阳明根起于厉兑，名曰阴中之阳。厥阴之表，名曰少阳。少阳根起于窍阴，名曰阴中之少阳。是故三阳之离合也：太阳为开，阳明为阖，少阳为枢。三经者，不得相失也，搏而勿浮，命曰一阳。
帝曰：愿闻三阴？岐伯曰：外者为阳，内者为阴。然则中为阴，其冲在下，名曰太阴，太阴根起于隐白，名曰阴中之阴。太阴之后，名曰少阴，少阴根起于涌泉，名曰阴中之少阴。少阴之前，名曰厥阴，厥阴根起于大敦，阴之绝阳，名曰阴之绝阴。是故三阴之离合也，太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。三经者不得相失也，搏而勿沉，名曰一阴。阴阳(雩重)(雩重)，积传为一周，气里形表，而为相成也。
此篇不但明确了六经的起始走向，而且提出了至阴(少阴)生太阳的阴阳循环，厥阴与少阳为表里的关系，为伤寒学六经辨证的诞生提供了理论基础。但是六经学派仍未联系脏腑，说明他们只想兼并五脏学派的阳明经，却看不起藏象学。造成这种情况的原因是，古人对经络的认识远早于对脏腑的认识，对外感、外伤疾病的认识早于对内伤疾病的认识，经络学先成显学；经络学对临床的指导意义，也一度领先于藏象学；再者，古代交通不便药物常不可得，而以针灸则不受限，以针灸治疗起家的经络学自然更受亲睐。
后来，六经学派即使联系脏腑，也将五脏学派匹配的脏腑更改了，太阳心经改配膀胱，少阳肝经改配胆，以清除心君、肺相的五脏中心论影响。这种更改体现了六经学派与五脏学派在病因学上的核心差别：六经学派重外因、经络，五脏学派重内因、脏腑；例如太阳伤寒，在五脏学派就可以完全看做是心肺功能失常造成的疾病！外伤、内伤，其实万物皆一般！
五脏十二官学派
《素问·灵兰秘典论篇第八》：
黄帝问曰：愿闻十二脏之相使，贵贱何如？岐伯对曰：悉乎哉问也。请遂言之！心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治节出焉。肝者，将军之官，谋虑出焉。胆者，中正之官，决断出焉。膻中者，臣使之官，喜乐出焉。脾胃者，仓廪之官，五味出焉。大肠者，传道之官，变化出焉。小肠者，受盛之官，化物出焉。肾者，作强之官，伎巧出焉。三焦者，决渎之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。凡此十二官者，不得相失也。
此篇脏腑排列顺序，应该是直接来源于临床实践，大致从上到下。在这一学派看来：心、肺、肝、胆、膻中主神志决断；脾胃主受盛；大肠、小肠、肾、三焦、膀胱主传化。后之难经学派深受启发，而发明上中下三焦，以膈上的心、肺、膻中为上焦；以膈下、网膜之上的肝、胆、脾、胃为中焦；以网膜覆裹的小肠、大肠、肾、膀胱为下焦。其学实滥觞于《灵兰秘典论》。(十二指肠在网膜之外，故临床当从胃经而论治。)
十二脏原有有膻中，无心包络。其实无论膻中还是心包络，其所指临床症状一致，皆由忧郁而致痰粘胸闷；其实为痰阻导致淋巴胸腺壅塞，临床常以诸柴胡汤、泻心汤加郁金、栝楼籽等治之。后人以为此证为情志所致，当属神明，又患者自觉心闷不适，故易膻中为心包络。其实，痰证虽由情志刺激而浓积，其根源却在肝胆脾胃(消化系统)。膻中位于躯体中心，为诸脏交通枢纽，最易痰阻壅塞。
至此，十二脏腑正式确立。藏象学开始倒逼经络学，使其增加手厥阴，由十一经络增加到十二经络。
十二经学派
《素问·血气形志篇第二十四》
足太阳与少阴为表里，少阳与厥阴为表里，阳明与太阴为表里，是为足阴阳也。手太阳与少阴为表里，少阳与心主为表里，阳明与太阴为表里，是为手之阴阳也。
至此，十二经学派已经形成。其中虽未提脏腑，事实却已经接受脏腑理论。但是表里关系在六经时代就已经形成，因为足六经相表里的两经之间，疾病传变极其密切。而手六经的表里关系，主要是相表里的经络关系密切；手六经相表里的脏腑之间，疾病传变相对弱一些。事实上，内伤疾病在脏腑之间的传变要复杂得多，远不是十二经络表里关系所能诠释的。
新莽之际，王莽命刘歆点校群籍，《素问》一书大部分成型于西汉。西汉医学百家争鸣，蔚然大观！(五运六气七篇为王冰伪托、或其师门所纂；刺法论、本并论两篇亦为伪托。)王莽以黄帝嫡系后裔自居，将今传《素问》改编为岐伯、黄帝的对话。然而，《素问》中相互龃龉、矛盾、差异的各家理论，却暴露了事实的真相，实际上医学的发展不可能一蹴而就。
然到今传《灵枢》一书中，呈现的全部是大一统的五脏十二经理论，没有《素问》中各个学派的争鸣。余据此认为，今传《灵枢》大致成书于东汉晚，其中乐理、风水、相面的内容，是魏晋南北朝时期添入。
《灵枢·经脉篇第十》将十二经的络属一一说明，将脏腑、经络、人体各个组织全部联络起来。其后诸章又补充了：经别、经水、经筋，甚至营卫骨脉。
《灵枢·逆顺肥瘦篇第三十八》又提出了十二经走向、交接，使经气循环往复，运行不歇。
西汉之末，十二经理论基本定型。而东汉十二经理论继续发展，最终一统天下。但以伤寒学六经辨证为参考，十二经理论一统天下是比较晚了，对伤寒学影响不大。《难经》《脉经》《针灸甲乙经》诸学派，将在后篇论述。
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阴阳理论源于人们对自然现象的认识。
“陽”， 从阜。“阜”字，始见于一期甲骨文，其形似崖壁。从阜之字皆与山崖有关。“陽”字亦始见于一期甲骨文，其形为山崖之旁、日出树梢之上，意为向阳之地。华夏之域，山之南终年有日照，山之北则冬季日照少。故引义为：山之南。
“陰”， 从阜，始见于西周中期金文。其字形较为多样：有似树木遮蔽不见日者，有似山崖之下月照者，有似两侧山崖之中者。意为少见日光之地。“陰”出现比“陽”字晚得多，应该是作为“陽”的反义词出现。故亦可引义为：山之北。
由上可见，阴阳理论的产生，应该不会早于西周中期。阴阳理论诞生后，被广泛引申：山为阳则水为阴，南为阳则北为阴；昼为阳则夜为阴，夏为阳则冬为阴；男为阳则女为阴，背为阳则腹为阴。由地及天、及人。
八卦也是源于阴阳。阴爻和阳爻，任意三根，可以组成八种卦；任意两个卦(包括同种)，又能组成六十四种卦象。因此八卦的形成也不会早于西周中期，但部分卦辞、爻辞是卜人记录的历史资料，时代可能会早一些。易传之文又晚于其后，《易·系辞传》曰：一阴一阳谓之道。《道德经》云：道生一，一生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，中气以为和。吾之先民，已经构建了一套完整的本体论，万物皆由阴阳结合而成。而人作为自然之部分，自然也是阴阳结合而成。所以，阴阳学就是中医生理学的基础。
五行理论的诞生则要晚得多。
“五行相克”说略早，战国末年，齐人驺衍以此解释朝代兴替：黄帝以土德王天下，大禹以木德王天下，商汤以金德王天下，周文以火德王天下。后代以其德运，能克前代，此所谓奉天承运也！秦始皇一统江山，采驺衍之说，以水德王天下。故秦朝服帜尚黑，以合水德。“五行相生” 说始见于董仲舒《春秋繁露》，其说则可能更晚，因为此书极有可能遭到刘歆的纂改。王莽纂汉以后，自命黄帝之后，为示正统而采用五行相生说，推导出其以土德王天下，乃嗣其先祖黄帝之位。
阴阳学是从空间上解释世界的本体论，而五行学则是从时间上解释世界的本体论。正是由于五行学能够弥补阴阳学的不足，才会被广泛应用。
中医对人体的认识，形成了两大基础理论：藏象与经络。阴阳是经络学的理论模型，五行是藏象学的理论模型。但是经络学的影响一度领先于藏象学，五行理论对中医的影响也要晚得多。下葬于汉文帝十二年的马王堆汉墓医书，就丝毫未提到五行理论。但其中《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》，已经形成了较为完善的经络学说。
最开始，阴阳学和五行学、藏象学与经络学是各自独立的，在发展的过程中才逐渐融合。后人常言阴阳五行，其实阴阳和五行也是两套学说。藏相、经络、阴阳、五行的融合并非一促而就，而是历经曲折、纷繁复杂。那就让我们翻开经典，重勘医史。
四经学派：
《素问·阴阳别论篇第七》：
黄帝问曰：人有四经，十二从，何谓？岐伯对曰：四经应四时；十二从应十二月；十二月应十二脉。
此处未释四经十二从为何物，应是根据四季特点，仿八卦由阴阳二字组合，以配四经。春由冷变暖，由阴至阳，为“阴阳”，配足少阳经；少阳者，阳气初升也。夏为纯阳，即“阳阳”，配足太阳经；太阳者，阳之至也。秋由暖变冷，由阳至阴，为“阳阴”，配足太阴经；太阴者，阴之初始也。冬为纯阴，即“阴阴”，配足少阴经；少阴者，阴之至也。
至于十二从，可能是古人发明的一些经络。
医者，始无“六经”“十二经络”之说。今之典籍所载，最早为四经十二从。根据马王堆出土医书，其时已有十一经之说。四经之说，至少也可以上溯至战国时代。或问：四经之前为何论？余以为乃阴阳二经！太阳为诸阳之屏，为阳本经；少阴为诸阴之屏，为阴本经。此即阴阳二经也！《辨证篇·六经辨证》中，余将细为解说。
五经学派
《素问·刺腰痛篇第八》：
足太阳脉令人腰痛，引项脊尻背如重状，刺其郄中。太阳正经出血，春无见血。
少阳令人腰痛，如以针刺其皮中，循循然不可以俯仰，不可以顾。刺少阳成骨之端出血，成骨在膝外廉之骨独起者，夏无出血。
阳明令人腰痛，不可以顾，顾如有见者，善悲。刺阳明于(骨行)前三痏，上下和之出血，秋无见血。
足少阴令人腰痛，痛引脊内廉。刺少阴于内踝上二痏。春无见血，出血太多，不可复也。
厥阴之脉令人腰痛，腰中如张弓弩弦。刺厥阴之脉，在腨踵鱼腹之外，循之累累然，乃刺之。其病令人善言默默然不慧，刺之三痏。
郄中今谓之浮郄，成骨今谓之外踝尖，二痏今谓之太溪。此足五经与今基本一致。此篇又有：解脉、同阴、阳维、衡络、会阴、飞阳、昌阳、散脉、肉里之脉。此当为奇经八脉之雏形。五经学派未与脏腑联系，此派总结临床经验、从经络自身发展而来，并发展出奇经八脉学说。
十经学派
《素问·气府论篇第五十九》中，论述了手足六阳经、督脉、任脉、冲脉所辖穴位。末尾又提到了足少阴、足厥阴，手少阴、手阳明。如此，手足十经俱备，只未提到足太阴脾经和手太阴肺经。此派是从五经学派发展而来，五足经配上五手经，五经学派无太阴经，故此派亦无太阴经。
又可知此派一直独立于六经学派发展，仅以五经配手足。而六经学派虽有六经，却不配手六经。又此派只有十经，当早于马王堆汉墓医书之十一经学派。
四脏七腑学派
《素问·六节藏象论篇第九》：
帝曰：藏象何如？岐伯曰：心者，生之本，神之变也；其华在面，其充在血脉，为阳中之太阳，通于夏气。肺者，气之本，魄之处也；其华在毛，其充在皮，为阳中之太阴，通于秋气。肾者主蛰，封藏之本，精之处也；其华在发，其充在骨，为阴中之少阴。通于冬气。肝者，罢极之本，魂之居也；其华在爪，其充在筋，以生血气，其味酸，其色苍，此为阳中之少阳，通于春气。脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱者，仓廪之本，营之居也，名曰器，能化糟粕，转味而入出者也，其华在唇四白，其充在肌，其味甘，其色黄，此至阴之类，通于土气。凡十一脏，取决于胆也。
此篇已经指明四脏七腑，四脏者配四时，又配以四经。四季、十二月是直观的自然现象，比抽象的五行理论更容易理解；再者，四经学派和四脏学派诞生时间较早，五行理论还未被引入医学之中。可见，在五脏理论成型之前，脏腑与经络的匹配就开始了。脏腑与经络的匹配是必然趋势，因为人体是一个整体，不可能存在两套毫无联系的生理系统。《六节藏象论篇》脏腑数也是十一，应是主动与十一经融合。
此中唯独少了手厥阴心包经。马王堆汉墓出土的《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》虽未联系脏腑起来，但却受到了藏象学的影响。否则，它为什么不搞成手足各六经的十二经呢？还就是因为缺少一个脏腑，没法匹配！是后人发明了心包(或膻中)，才有了十二经理论。诚可叹者：经学创立时代的医家是何其严谨，不会为了理论的完整性多造一个脏腑。
心主五脏学派
《素问·金匮真言论篇第四》：故背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也；腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之阳，肝也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。此皆阴阳表里内外雌雄相俞应也，故以应天之阴阳也。
历史上应当存在一个佚亡的“四脏学派”，四脏七腑学与心主五脏学派皆由其发展而来，皆以心为人身之主。此派五脏不按五行原理排列，说明在中医引进五行理论之前，就形成了五脏理论。
古人竹简而书，由右至左，故对视以右为大边。若正面对视他人，心在大边，故为阳中阳；肺在小边，故为阳中之阴。肝与肾则以上下而论，故肝在上为阴中之阳，肾居下为阴中之阴。原本脾和肝也是左右位置的，但由于四脏四经学派已成定论，就只能将脾另列为阴中之至阴。脾属土，居寰宇之最下，堪为至阴。但脾在人体位置并不在最下，配土并不合理，这就是由四脏学派走向五脏学派所留下的痕迹。脾在与五方的匹配中获得中央的地位，与五色匹配又得黄色，黄色在后世成为皇家专属，脾土反成至尊，此当为脾土派之渊薮。
尽管如此，在五脏学派中，却是以心为君，以肺为相傅。这是来源于实践，也是最符合生理的，因为判断人之生死者，核心指标就是呼吸、心跳脉搏。另外：心主五脏学派，还是独取寸口脉法的理论根源。
五行五脏学派
五行五脏学说是引进五行理论的结果，以五脏配五行。其面临的第一个难题是，如何让五脏与四季匹配，于是造出“长夏”一说。夏属火、火生土，故只能从立秋前分出十八天匹配脾土，谓之长夏。这样才能与五行相生说吻合。此派的诞生，必定在五行相生说以后，一般应视为在董仲舒以后。而在此前，十一经络理论早已成型，由此可见藏象学一度远远落后于经络学。
六经学派
五脏学派，有太阴而无阳明；五经学派，有阳明而无太阴。二者合一，就成足六经。
《素问·阴阳离合论篇第六》
帝曰：愿闻三阴三阳之离合也。岐伯曰：圣人南面而立，前曰广明，后曰太冲。太冲之地，名曰少阴；少阴之上，名曰太阳。太阳根起于至阴，结于命门，名曰阴中之阳。中身而上名曰广明，广明之下名曰太阴，太阴之前，名曰阳明。阳明根起于厉兑，名曰阴中之阳。厥阴之表，名曰少阳。少阳根起于窍阴，名曰阴中之少阳。是故三阳之离合也：太阳为开，阳明为阖，少阳为枢。三经者，不得相失也，搏而勿浮，命曰一阳。
帝曰：愿闻三阴？岐伯曰：外者为阳，内者为阴。然则中为阴，其冲在下，名曰太阴，太阴根起于隐白，名曰阴中之阴。太阴之后，名曰少阴，少阴根起于涌泉，名曰阴中之少阴。少阴之前，名曰厥阴，厥阴根起于大敦，阴之绝阳，名曰阴之绝阴。是故三阴之离合也，太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。三经者不得相失也，搏而勿沉，名曰一阴。阴阳(雩重)(雩重)，积传为一周，气里形表，而为相成也。
此篇不但明确了六经的起始走向，而且提出了至阴(少阴)生太阳的阴阳循环，厥阴与少阳为表里的关系，为伤寒学六经辨证的诞生提供了理论基础。但是六经学派仍未联系脏腑，说明他们只想兼并五脏学派的阳明经，却看不起藏象学。造成这种情况的原因是，古人对经络的认识远早于对脏腑的认识，对外感、外伤疾病的认识早于对内伤疾病的认识，经络学先成显学；经络学对临床的指导意义，也一度领先于藏象学；再者，古代交通不便药物常不可得，而以针灸则不受限，以针灸治疗起家的经络学自然更受亲睐。
后来，六经学派即使联系脏腑，也将五脏学派匹配的脏腑更改了，太阳心经改配膀胱，少阳肝经改配胆，以清除心君、肺相的五脏中心论影响。这种更改体现了六经学派与五脏学派在病因学上的核心差别：六经学派重外因、经络，五脏学派重内因、脏腑；例如太阳伤寒，在五脏学派就可以完全看做是心肺功能失常造成的疾病！外伤、内伤，其实万物皆一般！
五脏十二官学派
《素问·灵兰秘典论篇第八》：
黄帝问曰：愿闻十二脏之相使，贵贱何如？岐伯对曰：悉乎哉问也。请遂言之！心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治节出焉。肝者，将军之官，谋虑出焉。胆者，中正之官，决断出焉。膻中者，臣使之官，喜乐出焉。脾胃者，仓廪之官，五味出焉。大肠者，传道之官，变化出焉。小肠者，受盛之官，化物出焉。肾者，作强之官，伎巧出焉。三焦者，决渎之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。凡此十二官者，不得相失也。
此篇脏腑排列顺序，应该是直接来源于临床实践，大致从上到下。在这一学派看来：心、肺、肝、胆、膻中主神志决断；脾胃主受盛；大肠、小肠、肾、三焦、膀胱主传化。后之难经学派深受启发，而发明上中下三焦，以膈上的心、肺、膻中为上焦；以膈下、网膜之上的肝、胆、脾、胃为中焦；以网膜覆裹的小肠、大肠、肾、膀胱为下焦。其学实滥觞于《灵兰秘典论》。(十二指肠在网膜之外，故临床当从胃经而论治。)
十二脏原有有膻中，无心包络。其实无论膻中还是心包络，其所指临床症状一致，皆由忧郁而致痰粘胸闷；其实为痰阻导致淋巴胸腺壅塞，临床常以诸柴胡汤、泻心汤加郁金、栝楼籽等治之。后人以为此证为情志所致，当属神明，又患者自觉心闷不适，故易膻中为心包络。其实，痰证虽由情志刺激而浓积，其根源却在肝胆脾胃(消化系统)。膻中位于躯体中心，为诸脏交通枢纽，最易痰阻壅塞。
至此，十二脏腑正式确立。藏象学开始倒逼经络学，使其增加手厥阴，由十一经络增加到十二经络。
十二经学派
《素问·血气形志篇第二十四》
足太阳与少阴为表里，少阳与厥阴为表里，阳明与太阴为表里，是为足阴阳也。手太阳与少阴为表里，少阳与心主为表里，阳明与太阴为表里，是为手之阴阳也。
至此，十二经学派已经形成。其中虽未提脏腑，事实却已经接受脏腑理论。但是表里关系在六经时代就已经形成，因为足六经相表里的两经之间，疾病传变极其密切。而手六经的表里关系，主要是相表里的经络关系密切；手六经相表里的脏腑之间，疾病传变相对弱一些。事实上，内伤疾病在脏腑之间的传变要复杂得多，远不是十二经络表里关系所能诠释的。
新莽之际，王莽命刘歆点校群籍，《素问》一书大部分成型于西汉。西汉医学百家争鸣，蔚然大观！(五运六气七篇为王冰伪托、或其师门所纂；刺法论、本并论两篇亦为伪托。)王莽以黄帝嫡系后裔自居，将今传《素问》改编为岐伯、黄帝的对话。然而，《素问》中相互龃龉、矛盾、差异的各家理论，却暴露了事实的真相，实际上医学的发展不可能一蹴而就。
然到今传《灵枢》一书中，呈现的全部是大一统的五脏十二经理论，没有《素问》中各个学派的争鸣。余据此认为，今传《灵枢》大致成书于东汉晚，其中乐理、风水、相面的内容，是魏晋南北朝时期添入。
《灵枢·经脉篇第十》将十二经的络属一一说明，将脏腑、经络、人体各个组织全部联络起来。其后诸章又补充了：经别、经水、经筋，甚至营卫骨脉。
《灵枢·逆顺肥瘦篇第三十八》又提出了十二经走向、交接，使经气循环往复，运行不歇。
西汉之末，十二经理论基本定型。而东汉十二经理论继续发展，最终一统天下。但以伤寒学六经辨证为参考，十二经理论一统天下是比较晚了，对伤寒学影响不大。《难经》《脉经》《针灸甲乙经》诸学派，将在后篇论述。
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