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《黄帝内经》的成书标志着中医学理论体系的建立，其中《黄帝内经》学术体系是其关键。《黄帝内经》主要围绕人的健康、疾病进行阐述，形成了有关人的生命规律及其医学应用的知识和理论，而这些知识和理论的形成，必有古代自然科学、社会科学等方面的知识和方法的渗透与影响，它既是医学理论形成的基础，也是《黄帝内经》学术体系的有机组成部分。因而，《黄帝内经》学术体系结构主要包括医学理论和医学基础两部分。
医学理论
《黄帝内经》学术体系医学理论的内容，基本上可以由历代医家对《黄帝内经》内容的分类来概括。在分类研究《黄帝内经》的诸注家中，具有代表性的有：唐代杨上善《太素》分19类，元代滑寿《读素问钞》分11类，明代张介宾《类经》分11类、李中梓《黄帝内经知要》分8类，清代沈又彭《医经读》分4类，虽繁简精粗不同、类别间有出入，但大体可以概括《黄帝内经》医学理论的内容。经过繁简修合、纲目条贯的整理，主要内容如下：
藏象：是研究脏腑经脉形体官窍的形态结构、生理活动规律及其相互关系的理论。是《黄帝内经》学术体系的核心。“象”，指外在的生命现象，既包括有形可见的躯体肢节脏腑血脉的形象及其动态变化，又包括各种无形的生理、精神现象；“藏”，是指藏于体内有形、无形的脏腑、经络、精气神及其永不休止的活动。藏象学说的内容主要包括脏腑、经络、精气神。同时，人的活动与天地自然、社会人事密切相关，因而人们在探索人体生命活动时，又将它们联系在一起进行研究，因而也成为藏象内容的有机组成部分。
疾病：论异常的生命活动，有两部分内容：一是病因病机。病因即生病的原因。病机是阐述疾病发生、发展变化及转归的机理和规律，其内容包括发病、病理、传变等。其中的病理，主要论述病变的机理，如表里出入、寒热进退、邪正虚实等的具体病变机理。二是论疾病的概念、分类及其临床表现，即病证。《黄帝内经》论疾病多以“疾”、“病”、“候”表述，个别之处提到“证”，与候同义。《黄帝内经》论疾病重其整体机能异常和阶段变化性质，后世概括为“证候”，体现了中医学疾病学理论的特色。
诊法：论疾病的诊断方法，包括疾病的诊断原理、诊察方法与判断法则。《黄帝内经》深刻地阐述了中医的诊病原理，主要是创造性提出望闻问切与四诊合参的直观察验的疾病诊察方法。此外，在疾病判断法则方面，《黄帝内经》的特点是以“审察病机”为中心的审机论病，并体现在疾病的脏腑分证、经络分证、病因分证等，实为后世“证候诊断”之源。
论治：《黄帝内经》除了阐述天人合一、心身一体以及治未病等治疗思想外，主要阐述治疗原则和治疗方法。治疗原则，是指导治法、疗法的准绳和法则，如治病求本、调节阴阳、因势利导等。治疗方法又有无形的方略技巧与有形的处理措施之别，前者称治法，如解表清里、理气活血等；后者称疗法，如药物疗法、针灸疗法、饮食疗法、精神疗法等。《黄帝内经》记载了多种疗法，并论述了它们治病原理、使用方法与宜忌等。《黄帝内经》论治内容丰富，形成了完整的论治体系。
养生：即颐养生命，包括两方面内容：一是无病之摄养，目的是健身缓老与防病。在对疾病和衰老的认知基础上，《黄帝内经》确立了“治末病”养生思想，并提出外以避邪、内以养正的原则和多种养生方法，建立了中医学独特的养生学说。二是病后康复。
以上内容，未将阴阳五行与运气学说包括于内。阴阳五行，是战国秦汉占主流的哲学，是中国古代自然科学的认识论、方法论。在《黄帝内经》学术体系之中，它虽然含有具体的医学内容，但其主要作用也是论证和规范医学知识与理论的方法学工具，因而未列入医学理论，而是将其划归于医学基础的哲学部分。运气学说，不仅讨论气候变化规律同生物生存、人的生理病理关系，也探索论治、方药原理与原则，还富含藏象、病机、病证、诊法与摄生等内容，属于综合性理论，宜作专题研究，非医学理论固有组成部分。
医学基础
《黄帝内经》学术体系的医学基础，无论其固有内涵、表述方式，还是其研究方法、形成过程，广泛涉及中国古代传统科学的各个领域，主要包括哲学、天文历法、气象学以及社会学等。
哲学：在战国秦汉时期，科学技术处于萌芽时期。在医学领域，对于动物和人体器官、组织，即使解剖也难以完全了解其机能，更难以将实质器官、组织与生命现象完全结合起来，医学研究只能在日常生活和医疗实践基础上，借助自然哲学进行，因而精气、阴阳、五行等学说，不仅成为《黄帝内经》学术体系的方法学基础，渗透到中医理论的各部分，而且还借助其哲学术语表述医学概念。具体而言，哲学的作用，一是引导医疗活动的指向，赋予医学观察和医疗实践以特定内容；二是约定医学概念独特内涵及其表述方式；三是建立推理体系、理论模型。
天文历法、地理学、气象学：人生天地之间，气交之中，在广泛的时空条件下受着自然力量的制约，因而人类必须了解自然、把握自然，进而顺应自然、利用自然，为自身的生存和发展服务；同时，中医学是一门应用学科，它的建立、发展和成熟，也有赖于其他学科，成为医学理论形成和建立的基础。
社会学：《黄帝内经》中许多篇章阐述了古代社会与医学起源、发展情况。随着社会发展，私有制的建立，经济、政治、文化交往增多，疾病也渐致复杂，单纯的汤液醪醴不能适应临床需要，于是发展成为多种剂型、多种治法。此外，《黄帝内经》还有大量社会经济状况、风土习俗、人情心理以及社会地位变迁等及其与疾病关系的记载，并贯穿于病因、发病、诊断、治疗、养生诸学说之中。它将人与社会生存环境的失调作为重要致病因素，丰富了中医病因学理论；它重视在疾病防治过程中纠正社会性致病因素，并以此作为疾病防治的重要原则，完善了中医学疾病防治理论，为中医学社会心理医学模式奠定了理论基础。另外，农学、数学、物候学等，对《黄帝内经》医学理论的形成均有着重要影响，也是其学术体系形成的基础。
医学理论
《黄帝内经》学术体系医学理论的内容，基本上可以由历代医家对《黄帝内经》内容的分类来概括。在分类研究《黄帝内经》的诸注家中，具有代表性的有：唐代杨上善《太素》分19类，元代滑寿《读素问钞》分11类，明代张介宾《类经》分11类、李中梓《黄帝内经知要》分8类，清代沈又彭《医经读》分4类，虽繁简精粗不同、类别间有出入，但大体可以概括《黄帝内经》医学理论的内容。经过繁简修合、纲目条贯的整理，主要内容如下：
藏象：是研究脏腑经脉形体官窍的形态结构、生理活动规律及其相互关系的理论。是《黄帝内经》学术体系的核心。“象”，指外在的生命现象，既包括有形可见的躯体肢节脏腑血脉的形象及其动态变化，又包括各种无形的生理、精神现象；“藏”，是指藏于体内有形、无形的脏腑、经络、精气神及其永不休止的活动。藏象学说的内容主要包括脏腑、经络、精气神。同时，人的活动与天地自然、社会人事密切相关，因而人们在探索人体生命活动时，又将它们联系在一起进行研究，因而也成为藏象内容的有机组成部分。
疾病：论异常的生命活动，有两部分内容：一是病因病机。病因即生病的原因。病机是阐述疾病发生、发展变化及转归的机理和规律，其内容包括发病、病理、传变等。其中的病理，主要论述病变的机理，如表里出入、寒热进退、邪正虚实等的具体病变机理。二是论疾病的概念、分类及其临床表现，即病证。《黄帝内经》论疾病多以“疾”、“病”、“候”表述，个别之处提到“证”，与候同义。《黄帝内经》论疾病重其整体机能异常和阶段变化性质，后世概括为“证候”，体现了中医学疾病学理论的特色。
诊法：论疾病的诊断方法，包括疾病的诊断原理、诊察方法与判断法则。《黄帝内经》深刻地阐述了中医的诊病原理，主要是创造性提出望闻问切与四诊合参的直观察验的疾病诊察方法。此外，在疾病判断法则方面，《黄帝内经》的特点是以“审察病机”为中心的审机论病，并体现在疾病的脏腑分证、经络分证、病因分证等，实为后世“证候诊断”之源。
论治：《黄帝内经》除了阐述天人合一、心身一体以及治未病等治疗思想外，主要阐述治疗原则和治疗方法。治疗原则，是指导治法、疗法的准绳和法则，如治病求本、调节阴阳、因势利导等。治疗方法又有无形的方略技巧与有形的处理措施之别，前者称治法，如解表清里、理气活血等；后者称疗法，如药物疗法、针灸疗法、饮食疗法、精神疗法等。《黄帝内经》记载了多种疗法，并论述了它们治病原理、使用方法与宜忌等。《黄帝内经》论治内容丰富，形成了完整的论治体系。
养生：即颐养生命，包括两方面内容：一是无病之摄养，目的是健身缓老与防病。在对疾病和衰老的认知基础上，《黄帝内经》确立了“治末病”养生思想，并提出外以避邪、内以养正的原则和多种养生方法，建立了中医学独特的养生学说。二是病后康复。
以上内容，未将阴阳五行与运气学说包括于内。阴阳五行，是战国秦汉占主流的哲学，是中国古代自然科学的认识论、方法论。在《黄帝内经》学术体系之中，它虽然含有具体的医学内容，但其主要作用也是论证和规范医学知识与理论的方法学工具，因而未列入医学理论，而是将其划归于医学基础的哲学部分。运气学说，不仅讨论气候变化规律同生物生存、人的生理病理关系，也探索论治、方药原理与原则，还富含藏象、病机、病证、诊法与摄生等内容，属于综合性理论，宜作专题研究，非医学理论固有组成部分。
医学基础
《黄帝内经》学术体系的医学基础，无论其固有内涵、表述方式，还是其研究方法、形成过程，广泛涉及中国古代传统科学的各个领域，主要包括哲学、天文历法、气象学以及社会学等。
哲学：在战国秦汉时期，科学技术处于萌芽时期。在医学领域，对于动物和人体器官、组织，即使解剖也难以完全了解其机能，更难以将实质器官、组织与生命现象完全结合起来，医学研究只能在日常生活和医疗实践基础上，借助自然哲学进行，因而精气、阴阳、五行等学说，不仅成为《黄帝内经》学术体系的方法学基础，渗透到中医理论的各部分，而且还借助其哲学术语表述医学概念。具体而言，哲学的作用，一是引导医疗活动的指向，赋予医学观察和医疗实践以特定内容；二是约定医学概念独特内涵及其表述方式；三是建立推理体系、理论模型。
天文历法、地理学、气象学：人生天地之间，气交之中，在广泛的时空条件下受着自然力量的制约，因而人类必须了解自然、把握自然，进而顺应自然、利用自然，为自身的生存和发展服务；同时，中医学是一门应用学科，它的建立、发展和成熟，也有赖于其他学科，成为医学理论形成和建立的基础。
社会学：《黄帝内经》中许多篇章阐述了古代社会与医学起源、发展情况。随着社会发展，私有制的建立，经济、政治、文化交往增多，疾病也渐致复杂，单纯的汤液醪醴不能适应临床需要，于是发展成为多种剂型、多种治法。此外，《黄帝内经》还有大量社会经济状况、风土习俗、人情心理以及社会地位变迁等及其与疾病关系的记载，并贯穿于病因、发病、诊断、治疗、养生诸学说之中。它将人与社会生存环境的失调作为重要致病因素，丰富了中医病因学理论；它重视在疾病防治过程中纠正社会性致病因素，并以此作为疾病防治的重要原则，完善了中医学疾病防治理论，为中医学社会心理医学模式奠定了理论基础。另外，农学、数学、物候学等，对《黄帝内经》医学理论的形成均有着重要影响，也是其学术体系形成的基础。