《伤寒论》所奠定的辨证施治是祖国医学的特点之一，也是中医的操作体系。祖国医学从对症治疗发展到辨证论治是一个飞跃。它贯穿于临床诊治的全过程，是证、因、诊、治的综合，是理、法、方、药的统一，是理论和实践相结合的具体体现。从控制论看，疾病之病因相当于干扰，证候为信息群。所谓辨证，就是用四诊方法分辨疾病信息，判断干扰，找出疾病函数的特征值的过程。而商讨治法、处方用药的施治则是一个输入治疗信息、排除干扰的校正过程，最终目的是达到改善控制系统的质量。这是把人体看成是一个多变量系统的分析和调节方法。
一、平衡原理
平衡原理又称补偿原理，指控制系统在出现偏差的时候，通过调节机制使其保持稳态。中医治疗的重要原则之一就是调和人体阴阳气血的偏盛偏衰，使其达到相对平衡状态。《素问・至真要大论》说：“谨察阴阳和在而调之，以平为期”。《灵枢・邪客篇》指出，调节平衡的要点是“补其不足，泻其有余，调其虚实，以通其道”。又如八法中的清、温、补、消四法，就是根据“热者寒之”、“寒者热之”、“虚者补之”、“实者泻之”的原则而立法以调阴阳寒热虚实的。药物治疗的枢机在于以药味之偏调节人身之气血阴阳的偏盛偏衰，从而达到平衡的作用。如热证则用寒凉药，寒证则用温热药。以壮热烦渴为特点的阳阴经证为例，用清热除烦的白虎汤治疗，以石膏、知母等寒凉药物为主；对中焦脾胃虚寒证，则用温中补虚的理中辈治之，选用干姜、人参等温补之品。都是以平为期。应用平衡原理，在辨证施治过程中要注意两点。首先，须明辨证候性质。如用温法时，要注意有无真热假寒的情况，诚如程钟龄在《医学心悟》中指出“真热假寒之候，世俗未明亢害承制之理，误投热剂，下咽即败矣。”其次要注意补偿量要适当，即用药剂量恰到好处。如大热之证，清药太微，车薪杯水，无济于事；若微热之证，清剂太过，使用时“若一服汗出而病差，止后服，不必尽剂”，“用白虎治之而痊安，但不宜太过耳”。应用其他诸法，都注意这点。
二、迭加原理与分散化控制
控制论对分散结构的复杂系统，往往采取分散化控制的方法，即对各子系统分别施以局部控制来完成。在控制系统中，线性系统可以应用迭加原理。某些情况下，把人体近似地看成是线性系统时，在辨证处方用药之际，就可对各分散控制进行迭加，由单变量控制达到多变量控制。如《伤寒论》中，治太阳病用汗法，常用桂枝汤；治少阳病用和法，常用小柴胡汤；如兼有太阳和少阳的病证，可用汗法与和法迭加为柴胡桂枝汤治疗。同理，少阳病渐入阳明，可以用小柴胡汤的和法与承气汤的下法分别控制，方剂迭加而为大柴胡汤。同一经之病也同样可以因证候不同，在分散化控制的基础上依迭加原理而立方。例如，太阳病兼有中风与伤寒者，可据其轻重症状之异而有桂枝麻黄各半汤、桂枝二麻黄一汤、桂枝二越婢一汤等，这是“风寒有两汤迭用之妙”。《伤寒论》之辨证，已具备八纲之要，与其相应的治法有八法，迭加原则的应用使辨证立法有很大的灵活性，这就是“八法之中，百法务焉”的道理。
三、分流原理
闭环控制系统可以应用分流原理进行自动控制。如在电路系统中，为了减轻某一电路的过流，常常用增加并联电路来使其分流。按祖国医学理论，水液、营卫之气都是循环运行，是一个闭环系统。在生理上，中医常用分流的机制来解释寒冷性多尿和鼻衄代偿性月经等现象。在临床上用来分析水湿、痰浊等水液代谢谢积聚疾患的病机，也用于泻热和排毒，例如放血疗法和刮痧。分流原理在临床治疗上有很大的实用价值。治疗水气病时，按《内经》“开鬼门，洁净府，去菀陈求”的原则，病在于表，腰以上肿甚，当发其汗，腰以下肿甚，当利小便。若病在于里，水郁成实，可用下法。即可由皮肤、前后阴等不同途径分利水湿。为了使治法灵活应变，还可多途分流。如在发杆剂中佐以淡渗利湿之药，在利小便时可佐宣肺理气之品。在温热壅盛的情况下，更可以把利尿药与逐水药配合应用，通过多条渠道分利水湿，使蓄积之水从大小便一齐排出。如十枣汤治疗胸水、腹水，和肺心病水肿等。据大小便都与水液代谢谢有关的道理，可利用分流原理来治疗泄泻。如《伤寒论》用五苓散治疗呕吐而利的霍乱，后世常用五苓散治疗泄泻。从控制论看其机理，均在于以利小便而收实大便之功。《伤寒论》有时还应用分流原理来解释疾病转归和自愈的机理，例如，第47条有“太阳病，脉浮紧；发热身无汗，血衄者愈。”指出发热过程中，鼻出血和发汗一样能起到外泄热邪的作用，故“血衄者愈”。
四、负反馈误差调节
如果把辨证施治看作是人系统的调节的话，它有两种形式，即一次调节和反馈调节。一次调节如发射炮弹，算好目标和发射距离瞄准即可。这对静止的目标或运动方向、速度变化不大者有效。临床上，在病情简单而变化不大的疾病中，可以恪守一方，药物剂量不变，投一剂或数剂而收功，这是一次调节的例子。但因为疾病是发展和变化的，人体的疾病函数是以时间为状态变量的。《素问・玉机真藏论》指出：“神转不回，回则不转”，这具有状态变量的思想。两个矢量，只有当它们所有变量都相等时，才为相等的。即便对健康人来说，在不同时间内，也不是相等的状态。对于不同时间内，即使是相同疾病，也不是完全相同的状态。此时调节所达到的平衡，即所谓“胜至则复，复已而胜，不复而害”。因此，对复杂疾病的诊治，就不能满足于一次调节，何况初次辨证无论多么正确，用药多么精确，它也不能完全适应病情的发展。在这种情况下，医生往往根据疾病的变化，用药反应等作为反馈信息，医生和病人构成一个闭合回路。医生通过分析反馈信息的误差，决定下一步治疗时如何变换方剂，或加减药物和用量，使调节过程逐步完善，直达到最优状态。显然，下一步调节原则是以负反馈调节为主，即《素问・天元纪大论》所说：“五行之治，各有太过、不及也，有余而往，不足随之；不足而往，有余从之。”在一些情况下用试探性的实验治疗，也属此类。如《伤寒论》阳明病怀疑有燥粪而不能判定的情况下，先投小承气汤，观察病人有无“转矢气”为反馈信息，决定可否进一步用大承气汤。又如第100条：“伤寒阳脉涩，阴脉弦，法当腹中急痛，先与小建中汤，不差者小柴胡汤之。”从中医运用负反馈误差调节可知，立足于动态观，以动态平衡为原则把握人体阴阳之平衡，是辨证施治的特点之一。
五、程序控制
程序控制即医生们通常所说的“套路”。例如第159条：“伤寒，服汤药下利不止，心下痞硬，服泻心汤已，复以他药下之，利不止医以理中与之，利益甚。理中者，理中焦，此利在下焦，赤石脂禹余粮汤主之。复不止者，当利其小便。”即在服汤药后下利不止，可依情况用泻心汤、理中汤、赤石脂禹余粮汤，还下利水止而用利小便法，几个治方治法串联而用，成为一个治疗的套路。程序控制属于开环系统，即在不具备反馈偶合回路的情况下，为实现对多变量的控制，有时是在单变量控制的基础上通过流程来实现的。辨证施治以治病必求其本为总原则，但在实际情况中，往往因病的新旧急慢之不同，治有先后，这是程序控制的思想。套路的应用使中医在临床上能巧妙地运用基本方剂解决很多难治的病证。
六、快速通过“不稳定区”
在自动控制系统中，往往有不稳定的过程，处理的原则是使控制系统处于不稳定状态的时间尽可能暂短。如战士通过危险地带要尽快“冲过去”。病重正气又虚的急证患者，治疗时可采用祛邪药加速通过不稳定区。例如，由于热邪壅实，结于胃肠，病人发热汗多，出现目中了了，睛不和，腹满痛，大便难，甚则谵语昏迷的情况，此时采用大承气汤“急下”治疗，泻热存阴，泻实消满，实热去，津可复。《伤寒论》中之阴明三急下、少阴三急下等证，可以“无问其病，以平为期”都是这个道理。在特定的情况下，运用佐药能起到引导诸药加速通过不稳定区的作用。如伤寒少阴病，病人腹泻不止，干呕心烦，四肢发凉，脉微欲绝。此乃真阳不能固守，而阴液随之内竭，阴寒极盛，逼迫虚阳上越所致。应急用白通汤破阴回阳，宣通上下。但为防止阴寒过盛对清热的格拒使之不能发挥作用，故加入咸寒苦降的猪胆汗配合人尿用以反佐，使热药不被阴寒所格拒，便能达到回阳救逆的目的。这种“甚者从之”的治疗原则，是引导其他药物迅速通过不稳定区的方法。这是中医治疗急证的重要原理之一。
七、积分原理
控制系统具有求和及缓冲现象，叫“积分”，这使控制系统具有储存能量或信息的功能。如河流中的水库、电路中的电容，都具有此种“积分”作用。藏象学说阐述的脏腑是人体的功能单位，有的脏就具有“积分”的功能。如涉及贮血作用者有肝藏血、脾统血，储纳真气者有气海、丹田。《素问・五脏生成篇》言“人卧血归于肝”，其含义如王冰所解释：“肝藏血，心行之，人动知运于诸经，人静则血归于肝藏，何者？肝主血海故也。”藏象学说认为，五脏都主情志，肝藏魂。如肝藏血作用强，或者说肝“血库”贮血充实，则魂能守舍，睡眠好而精力充沛。肝不藏血，魂不守舍，则见失眠多梦等证。有一种血虚失眠患者，并无器质上的贫血，系劳神过度，睡觉前患者仍处于思虑兴奋状态，血未归于肝，辨证为肝血虚。此时须发挥肝“血库”和“积分”功能，用酸枣仁汤来治肝血虚之失眠往往有效。同理，失眠而又记忆力不佳者，按“脾统血”、“脾藏意”来分析，属脾血虚，用归脾汤治疗往往可发挥气的积分功能。某些慢性疾病也表现为积分现象，如有的肺心病先从感冒发展到气管炎，最后演变为肺气肿、肺心病。在伤寒热病的急症中，也有一些病呈现“积分”现象，例如第131条至136条的大结胸证，即是由高热、气滞和水之凝聚而交结在胸胁所造成，此时病情已经不是简单的线性叠加，而是有积分特征，其治疗也要针对此积分现象，用大黄、芒硝、甘遂的大陷胸汤泻热、攻痞、逐水诸法整合为治。治方也显现了“积分求和”的特征。
一、平衡原理
平衡原理又称补偿原理，指控制系统在出现偏差的时候，通过调节机制使其保持稳态。中医治疗的重要原则之一就是调和人体阴阳气血的偏盛偏衰，使其达到相对平衡状态。《素问・至真要大论》说：“谨察阴阳和在而调之，以平为期”。《灵枢・邪客篇》指出，调节平衡的要点是“补其不足，泻其有余，调其虚实，以通其道”。又如八法中的清、温、补、消四法，就是根据“热者寒之”、“寒者热之”、“虚者补之”、“实者泻之”的原则而立法以调阴阳寒热虚实的。药物治疗的枢机在于以药味之偏调节人身之气血阴阳的偏盛偏衰，从而达到平衡的作用。如热证则用寒凉药，寒证则用温热药。以壮热烦渴为特点的阳阴经证为例，用清热除烦的白虎汤治疗，以石膏、知母等寒凉药物为主；对中焦脾胃虚寒证，则用温中补虚的理中辈治之，选用干姜、人参等温补之品。都是以平为期。应用平衡原理，在辨证施治过程中要注意两点。首先，须明辨证候性质。如用温法时，要注意有无真热假寒的情况，诚如程钟龄在《医学心悟》中指出“真热假寒之候，世俗未明亢害承制之理，误投热剂，下咽即败矣。”其次要注意补偿量要适当，即用药剂量恰到好处。如大热之证，清药太微，车薪杯水，无济于事；若微热之证，清剂太过，使用时“若一服汗出而病差，止后服，不必尽剂”，“用白虎治之而痊安，但不宜太过耳”。应用其他诸法，都注意这点。
二、迭加原理与分散化控制
控制论对分散结构的复杂系统，往往采取分散化控制的方法，即对各子系统分别施以局部控制来完成。在控制系统中，线性系统可以应用迭加原理。某些情况下，把人体近似地看成是线性系统时，在辨证处方用药之际，就可对各分散控制进行迭加，由单变量控制达到多变量控制。如《伤寒论》中，治太阳病用汗法，常用桂枝汤；治少阳病用和法，常用小柴胡汤；如兼有太阳和少阳的病证，可用汗法与和法迭加为柴胡桂枝汤治疗。同理，少阳病渐入阳明，可以用小柴胡汤的和法与承气汤的下法分别控制，方剂迭加而为大柴胡汤。同一经之病也同样可以因证候不同，在分散化控制的基础上依迭加原理而立方。例如，太阳病兼有中风与伤寒者，可据其轻重症状之异而有桂枝麻黄各半汤、桂枝二麻黄一汤、桂枝二越婢一汤等，这是“风寒有两汤迭用之妙”。《伤寒论》之辨证，已具备八纲之要，与其相应的治法有八法，迭加原则的应用使辨证立法有很大的灵活性，这就是“八法之中，百法务焉”的道理。
三、分流原理
闭环控制系统可以应用分流原理进行自动控制。如在电路系统中，为了减轻某一电路的过流，常常用增加并联电路来使其分流。按祖国医学理论，水液、营卫之气都是循环运行，是一个闭环系统。在生理上，中医常用分流的机制来解释寒冷性多尿和鼻衄代偿性月经等现象。在临床上用来分析水湿、痰浊等水液代谢谢积聚疾患的病机，也用于泻热和排毒，例如放血疗法和刮痧。分流原理在临床治疗上有很大的实用价值。治疗水气病时，按《内经》“开鬼门，洁净府，去菀陈求”的原则，病在于表，腰以上肿甚，当发其汗，腰以下肿甚，当利小便。若病在于里，水郁成实，可用下法。即可由皮肤、前后阴等不同途径分利水湿。为了使治法灵活应变，还可多途分流。如在发杆剂中佐以淡渗利湿之药，在利小便时可佐宣肺理气之品。在温热壅盛的情况下，更可以把利尿药与逐水药配合应用，通过多条渠道分利水湿，使蓄积之水从大小便一齐排出。如十枣汤治疗胸水、腹水，和肺心病水肿等。据大小便都与水液代谢谢有关的道理，可利用分流原理来治疗泄泻。如《伤寒论》用五苓散治疗呕吐而利的霍乱，后世常用五苓散治疗泄泻。从控制论看其机理，均在于以利小便而收实大便之功。《伤寒论》有时还应用分流原理来解释疾病转归和自愈的机理，例如，第47条有“太阳病，脉浮紧；发热身无汗，血衄者愈。”指出发热过程中，鼻出血和发汗一样能起到外泄热邪的作用，故“血衄者愈”。
四、负反馈误差调节
如果把辨证施治看作是人系统的调节的话，它有两种形式，即一次调节和反馈调节。一次调节如发射炮弹，算好目标和发射距离瞄准即可。这对静止的目标或运动方向、速度变化不大者有效。临床上，在病情简单而变化不大的疾病中，可以恪守一方，药物剂量不变，投一剂或数剂而收功，这是一次调节的例子。但因为疾病是发展和变化的，人体的疾病函数是以时间为状态变量的。《素问・玉机真藏论》指出：“神转不回，回则不转”，这具有状态变量的思想。两个矢量，只有当它们所有变量都相等时，才为相等的。即便对健康人来说，在不同时间内，也不是相等的状态。对于不同时间内，即使是相同疾病，也不是完全相同的状态。此时调节所达到的平衡，即所谓“胜至则复，复已而胜，不复而害”。因此，对复杂疾病的诊治，就不能满足于一次调节，何况初次辨证无论多么正确，用药多么精确，它也不能完全适应病情的发展。在这种情况下，医生往往根据疾病的变化，用药反应等作为反馈信息，医生和病人构成一个闭合回路。医生通过分析反馈信息的误差，决定下一步治疗时如何变换方剂，或加减药物和用量，使调节过程逐步完善，直达到最优状态。显然，下一步调节原则是以负反馈调节为主，即《素问・天元纪大论》所说：“五行之治，各有太过、不及也，有余而往，不足随之；不足而往，有余从之。”在一些情况下用试探性的实验治疗，也属此类。如《伤寒论》阳明病怀疑有燥粪而不能判定的情况下，先投小承气汤，观察病人有无“转矢气”为反馈信息，决定可否进一步用大承气汤。又如第100条：“伤寒阳脉涩，阴脉弦，法当腹中急痛，先与小建中汤，不差者小柴胡汤之。”从中医运用负反馈误差调节可知，立足于动态观，以动态平衡为原则把握人体阴阳之平衡，是辨证施治的特点之一。
五、程序控制
程序控制即医生们通常所说的“套路”。例如第159条：“伤寒，服汤药下利不止，心下痞硬，服泻心汤已，复以他药下之，利不止医以理中与之，利益甚。理中者，理中焦，此利在下焦，赤石脂禹余粮汤主之。复不止者，当利其小便。”即在服汤药后下利不止，可依情况用泻心汤、理中汤、赤石脂禹余粮汤，还下利水止而用利小便法，几个治方治法串联而用，成为一个治疗的套路。程序控制属于开环系统，即在不具备反馈偶合回路的情况下，为实现对多变量的控制，有时是在单变量控制的基础上通过流程来实现的。辨证施治以治病必求其本为总原则，但在实际情况中，往往因病的新旧急慢之不同，治有先后，这是程序控制的思想。套路的应用使中医在临床上能巧妙地运用基本方剂解决很多难治的病证。
六、快速通过“不稳定区”
在自动控制系统中，往往有不稳定的过程，处理的原则是使控制系统处于不稳定状态的时间尽可能暂短。如战士通过危险地带要尽快“冲过去”。病重正气又虚的急证患者，治疗时可采用祛邪药加速通过不稳定区。例如，由于热邪壅实，结于胃肠，病人发热汗多，出现目中了了，睛不和，腹满痛，大便难，甚则谵语昏迷的情况，此时采用大承气汤“急下”治疗，泻热存阴，泻实消满，实热去，津可复。《伤寒论》中之阴明三急下、少阴三急下等证，可以“无问其病，以平为期”都是这个道理。在特定的情况下，运用佐药能起到引导诸药加速通过不稳定区的作用。如伤寒少阴病，病人腹泻不止，干呕心烦，四肢发凉，脉微欲绝。此乃真阳不能固守，而阴液随之内竭，阴寒极盛，逼迫虚阳上越所致。应急用白通汤破阴回阳，宣通上下。但为防止阴寒过盛对清热的格拒使之不能发挥作用，故加入咸寒苦降的猪胆汗配合人尿用以反佐，使热药不被阴寒所格拒，便能达到回阳救逆的目的。这种“甚者从之”的治疗原则，是引导其他药物迅速通过不稳定区的方法。这是中医治疗急证的重要原理之一。
七、积分原理
控制系统具有求和及缓冲现象，叫“积分”，这使控制系统具有储存能量或信息的功能。如河流中的水库、电路中的电容，都具有此种“积分”作用。藏象学说阐述的脏腑是人体的功能单位，有的脏就具有“积分”的功能。如涉及贮血作用者有肝藏血、脾统血，储纳真气者有气海、丹田。《素问・五脏生成篇》言“人卧血归于肝”，其含义如王冰所解释：“肝藏血，心行之，人动知运于诸经，人静则血归于肝藏，何者？肝主血海故也。”藏象学说认为，五脏都主情志，肝藏魂。如肝藏血作用强，或者说肝“血库”贮血充实，则魂能守舍，睡眠好而精力充沛。肝不藏血，魂不守舍，则见失眠多梦等证。有一种血虚失眠患者，并无器质上的贫血，系劳神过度，睡觉前患者仍处于思虑兴奋状态，血未归于肝，辨证为肝血虚。此时须发挥肝“血库”和“积分”功能，用酸枣仁汤来治肝血虚之失眠往往有效。同理，失眠而又记忆力不佳者，按“脾统血”、“脾藏意”来分析，属脾血虚，用归脾汤治疗往往可发挥气的积分功能。某些慢性疾病也表现为积分现象，如有的肺心病先从感冒发展到气管炎，最后演变为肺气肿、肺心病。在伤寒热病的急症中，也有一些病呈现“积分”现象，例如第131条至136条的大结胸证，即是由高热、气滞和水之凝聚而交结在胸胁所造成，此时病情已经不是简单的线性叠加，而是有积分特征，其治疗也要针对此积分现象，用大黄、芒硝、甘遂的大陷胸汤泻热、攻痞、逐水诸法整合为治。治方也显现了“积分求和”的特征。